A FAEF possui oito Departamentos dos quais cinco são departamentos académicos e três centros. Dos centros, a FAEF possui dois centros localizados nas comunidades, nomeadamente CEFLOMA e CEDAS, e um centro localizado no seu edifício sede (Centro de Estudos de Agricultura e Gestão de Recursos – CEAGRE). O quadro de direcção e chefia da FAEF consistiu de:

• Director: Prof. Doutor Luís Artur
• Directora Adjunta para a Graduação: Doutora Eng. Rosta Mate
• Directora Adjunta para a Pós-Graduação: Prof. Doutor Valério Macandza
• Director Adjunto para Investigação e Extensão: Prof. Doutor Rogerio Chiulele
• Directora Adjunta para Administração: Doutor Eng. Emilio Magaia
• Chefe do Departamento de Protecção Vegetal (DProtV): Profa. Doutora Amelia Sidumo
• Chefe do Departamento de Produção Vegetal (DProdV): MSc. João Nuvunga
• Chefe do Departamento de Engenharia Rural (DER): Doutor Eng. Mário Chilundo
• Chefe do Departamento de Engenharia Florestal (DEF): Prof. Doutor Bernard Guedes
• Chefe do CEFLOMA: Prof. Doutor Ernesto Uetimane Júnior
• Chefe do CEDAS: Prof. Doutor Hilario Magaia
• Chefe do CEAGRE: Prof. Doutor Almeida Sitoe
• Chefe do Departamento de Economia e Desenvolvimento Agrário (DEDA): MSc Bruno Araujo
• Directores de cursos de licenciatura:
  • Engenharia Agronómica: MSc. Amândio Muthambe
  • Engenharia Florestal: MSc. Francisco Geje
  • Agro-economia e Extensão: MSc. Zarina Laxmidas
• Directores de cursos de mestrado:
  • Desenvolvimento Rural: Doutor Eng. Nicia Givá
  • Maneio e Conservação da Biodiversidade: Profa Doutora Romana Bandeira
  • Produção Vegetal: Prof. Doutor Inácio Maposse
  • Protecção Vegetal:Prof. Doutor Domingos Cugala
  • Economia Agrária: MSc Bruno Araujo
  • Gestão de Solos e Água: Doutor Eng. Mario Chilundo
  • Tecnologia e Processamento da Madeira: Prof. Doutor Andrade Egas
  • Economia Agrária à Distância: Prof. Doutor João Mutondo
  • Educação Agrária à Distância: Prof. Doutor João Mutondo.